由于纳税评估工作还处于起步阶段，在从事纳税评估工作中还存在许多问题急需解决，纳税评估的作用还没有充分发挥出来，纳税评估体系还需不断完善，主要问题表现在：

（一）纳税评估信息量严重不足，纳税评估工作还处于闭门造车阶段。

评估资料信息的完整真实直接影响着评估工作的效率和成果。纳税评估工作的基础是纳税人信息、资料的采集、整理及分析，它是一项整体工作，是需要多部门协同合作，同时辅以信息化建设在技术手段上提供足够的支持。从事纳税评估依赖的信息仅来源于纳税人申报信息，由于种种原因，纳税人提供的信息数据质量不高，资料不全，相关信息不足，使纳税评估以财务税收分析为基础所必须的庞大数据源和其真实性无法得到保证。信息量少，准确性低，评估指标参考价值不大，评估工作质量不高，使评估工作开展困难重重。

（二）纳税评估缺乏统一标准，存在各自为战现象。

什么样的企业需要评估？评估的标准是什么？评估的方法是什么等等一系列问题都尚未明确，评估分析指标体系还没有建立，纳税评估工作还处于各自为战状态，使评估工作质量参差不齐。

（三）个别干部对纳税评估工作认识不够，纳税评估人员素质还不能适应评估工作要求。

纳税评估是涉税资料和相关信息进行分析的一项综合性、系统性、复杂性的业务工作，要求干部具备丰富的业务知识、专业技能、财会知识、计算机操作和综合判断能力。而一些干部对纳税评估工作的认识还不到位，将纳税评估工作流于形式，同时纳税评估人员素质还不能适应评估工作要求，评估工作还停留在表层上，评估作用没有得到充分发挥。

（四）纳税评估监督机制不够完善。

1、一些基层单位由于人员配备不足，而工作任务较重，没有实行纳税评估复评制度，缺乏必要的监督机制。

2、由于纳税评估的质量难以量化考核，经评估过的纳税人的实际状况到底怎样，除了直接参与评估的人员，其他人很难搞清，这就使得确定评估税款的偷税与否，以及应补税款的多少上难以建立一个科学有效的考核机制逐一考核认定。