1.纳税评估工作的定位不确切。现在的纳税评估工作主要表现形式为纳税评估工作是通过资料分析、评估约谈等方式查找税收问题，近似案头的纳税检查，其评估工作的目标和方法也是以查出问题的多少为发展方向。且为了与稽查工作区分，评估过程中一般不调取账簿凭证，不到纳税人的经营场所。方式上局限于查对相关经营报表、计算相关经营数据、与企业核实相关疑点等。静态的监督形式无法了解企业动态实际情况，其结果势必出现难以全面查阅、掌握纳税人的账簿凭证和企业经营过程的原始记录，只能发现一些表面问题或嫌疑问题，成效不明显。上述评估方式是否可定位为管理式纳税评估；另一种纳税评估的工作方式类似于税务稽查，但手段及与实际稽查又不完全相同，即可不按稽查工作程序进行，只针对疑点问题核查相关账簿凭证等，局限于个人操作的较浅的核查状态。同时，由于有效监控机制还没有真正建立起来，纳税评估工作在设计上存在一些不足，无法掌握外部相关信息，形成一些评估盲点。评估人员受相关因素约束，没能全面发挥主动管理监控职能。而纳税人大多也未把纳税评估当作是一次自查整改机会。因此，对纳税评估工作应进一步明确定位，即通过评估手段和调查手段，对纳税人纳税情况进行较为全面的管理和监控。
2.信息资料拥有量不对称。无论采取何种纳税评估工作方式，都离不开拥有翔实的数据资料源，纳税评估过程中力求做到将评估对象的相关经营指标、实现税收指标、各指标的相关峰值等进行充分测算、比对、定量、定性分析，据以找准切入点。由此可见，缺乏足充的数据资料源，纳税评估工作就很难达到预期效果。现实中常常遇到因信息资料拥有量不对称的窘境，如纳税人报送的纳税申报数据和财务数据、生产经营类信息、经营核算类信息以及其他诸如登记注册类、银行账户及账号、 价格类等相关信息不真实、不完整的涉税信息。而税收管理员就情况看，尚无有效渠道或足够的时间和精力去获取庞杂的信息，也仅能对纳税人已报送报表信息资料所反映的“税负”等表面问题问题有针对性评估，但由于信息资料源不完整或有可能错误，无法把问题完整地分析、查找出来，难免出现评估效率低，而且审核误差大。只有充分掌握了上述各类信息并进行测算、比对以及综合分析后，才能做出较为正确的评估分析和准确判断。
